La arqueología molecular es una ciencia muy reciente, de hecho fue creada hace aproximadamente 10 años. Esta disciplina nació de la necesidad de ir un paso más allá en la tradicional ciencia molecular. Nació para dar a respuestas a preguntas más complejas como: ¿Qué relación existe entre la humanidad y los microbios?
«La arqueología biomolecular nos permite estudiar el ADN recuperado de muestras arqueológicas. Y no sólo el ADN humano nativo que, por sí solo, brinda muchas perspectivas de estudio, sino también el ADN de los microbios que vivieron uno al lado del otro de ese humano.»(traducido del inglés) Estas fueron la palabras de Alisa Kazarina; arqueóloga biomolecular.
Un papel importante de la arqueología molecular es la recolección de ADN de vestigios humanos, todo para encontrar datos que permitan relacionar el pasado con el presente. Es posible hallar patógenos dentro de las cavidades bucales de los vestigios humanos donde sólo quedan huesos.
Esta ciencia estudia el ADN ( el código genético) de las moléculas biológicas. Una de sus aplicaciones es leer el código genético humano, pero, ¿qué fin tiene ver miles de líneas con cuatro únicas letras?. Nuestro cuerpo humano tiene aproximadamente un mil trillones de microorganismos viviendo en nosotros todos los días, y esto hizo pensar a los investigadores sobre cuál es la relación entre un humano y los microorganismos que alberga.

En 2007, National Institutes of Health (NIH; en español, Institutos Nacionales de la Salud) creó el programa » Human Microbiome » que tiene por objeto estudiar la relación Humano-microorganismo. Esto definió una nueva frontera en la ciencia, como si de un nuevo continente inexplorado se tratara. Con lo cual se trata de buscar indicios que permitan visualizar la relación entre las enfermedades humanas y la población de microorganismos en nuestros cuerpos.
Antes se pensaba que cualquier microorganismo era dañino para la salud humana, afirmación que resultó ser falsa. Está claro que no todos estos seres vivientes nos afectan de manera positiva a nuestra salud. Existen Microbios tales como la Mycobacterium tuberculosis, que provoca la tuberculosis que de hecho es la enfermedad que más muertes ha causado a la humanidad a lo largo de su historia.
La ciencia es un método creado por la humanidad y para la humanidad con el fin de investigar y descubrir. Ninguna ciencia es aislada y esta rama de la ciencia llamada arqueología molecular está empezando a responder dudas.